L’océan fourmille de vies invisibles à l’œil nu. Des milliers d’organismes planctoniques dérivent au gré des courants, jouant un rôle central dans les chaînes alimentaires et dans la régulation du climat. Mais comment explorer ce monde microscopique, quand chaque prélèvement produit des dizaines de milliers d’images difficiles à identifier ?
C’est ici qu’intervient EcoTaxa, une plateforme collaborative en ligne dédiée à l’annotation et à la classification d’images d’organismes aquatiques. Développée initialement à l’Observatoire océanologique de Villefranche-sur-Mer, EcoTaxa est devenue l’outil de référence international pour gérer, partager et analyser de vastes collections d’images planctoniques.
Accessible à la fois aux chercheurs, aux étudiants et aux citoyens, EcoTaxa combine le meilleur des deux mondes : la rigueur de l’expertise humaine et la puissance des algorithmes d’intelligence artificielle. Chacun peut contribuer à l’identification, valider des images, ou encore entraîner des modèles automatiques, enrichissant ainsi une immense base de données collective.
Ce guide a pour but d’accompagner pas à pas les débutants dans l’utilisation d’EcoTaxa. Il présente tout le processus : depuis l’importation des données brutes, jusqu’à l’annotation (manuelle et assistée), l’organisation en projets collaboratifs et enfin l’export des résultats. Il s’agit d’un manuel pratique, clair et pédagogique, conçu pour rendre accessible à tous un outil puissant au service de la connaissance et de la préservation de la biodiversité marine.